A través de la Ley Nº 5218 sancionada el 30 de Noviembre del año 2000, el Estado Provincial encomendó al Colegio de Escribanos de la Provincia de Jujuy la organización, custodia y conservación de los Protocolos y sus correspondientes Legajos de Comprobantes de los Notarios en ejercicio de la profesión.
Desde la Autonomía Política de la Provincia era el Poder Judicial quien tenía bajo su custodia la documentación Notarial.
El instrumento más antiguo resguardado en el Archivo de Protocolos data del año 1768, autorizado por el Escribano de la Corona española, Don Manuel de Aguirre, agregado como parte integrante de una Escritura del Protocolo del año 1823 del Escribano Manuel Durán Castro. El mismo, corresponde a la toma de posesión de una finca ubicada en el actual Departamento Yavi, que corresponde a la Finca La Quiaca y Chaupiuno, deslindada en 1733 por el Escribano Gerardo Ruiz e Inostrosa, contigua con el Mayorazgo del Marqués de Campero de Yavi y Tojo.